Pupuk hidroponik biasanya dijual satu paket dalam dua kemasan terpisah yaitu pupuk A dan B. Pupuk A mengandung kalsium sedangkan pupuk B mengandung sulfat. Karena pupuk A dan B memiliki kandungan elemen yang berbeda, maka pencampurannya setelah diencerkan masing-masing di wadah terpisah terlebih dahulu. Penyampuran secara bersamaan menyebabkan penggumpalan sehingga nutrisi tidak terlarut sempurna.
Dalam pupuk terkandung mineral unsur mikro dan makro yang dibutuhkan tanaman selama proses vegetatif dan generatif. Jumlah mineral nutrisi yang diberikan hendaknya tidak berlebihan supaya tanaman tumbuh dengan baik. Oleh karena itu, pembudidaya perlu melakukan hak sebagai berikut: mengecek tingkat pH larutan nutrisi, tingkat EC, ketersediaan oksigen terlarut, dan selalu mengecek suhu nutrisi dan lingkungan.
